زندگینامه
سید على حسینی خامنهاى فرزند مرحوم حجتالاسلام و المسلمینحاج سید جواد حسینى خامنهاى، در فروردین ماه سال 1318 شمسی برابر با 1358 قمرى درمشهد مقدس چشم به دنیا گشود. او دومین پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سید جوادخامنهاى هم مانند بیشتر روحانیون و مدرسان علوم دینى، بسیار ساده: «پدرم روحانىمعروفى بود، اما خیلى پارسا و گوشهگیر [...] زندگى ما بهسختى مىگذشت. من یادمهست شبهایى اتفاق مىافتاد که در منزل ما شام نبود. مادرم با زحمت براى ما شامتهیه مىکرد. [...] آن شام هم نان و کشمش بود.»
امّا خانه اى را که خانوادهسیّد جواد در آن زندگى مى کردند، رهبر انقلاب چنین توصیف مى کنند:
«منزلپدرى من که در آن متولد شده ام، تا چهارـ پنج سالگى من، یک خانه 60 ـ 70 مترى درمحّله فقیر نشین مشهد بود که فقط یک اتاق داشت و یک زیر زمین تاریک و خفه اى! هنگامى که براى پدرم میهمان مى آمد (و معمولاً پدر بنا بر این که روحانى و محلمراجعه مردم بود، میهمان داشت) همه ما باید به زیر زمین مى رفتیم تا مهمان برود. بعد عدّه اى که به پدر ارادتى داشتند، زمین کوچکى را کنار این منزل خریده به آناضافه کردند و ما داراى سه اتاق شدیم.»
رهبرانقلاب از دوران کودکى درخانواده اى فقیر امّا روحانى و روحانى پرور و پاک و صمیمی، اینگونه پرورش یافت و ازچهار سالگى به همراه برادر بزرگش سید محمد به مکتب سپرده شد تا الفبا و قرآن را یادبگیرند. سپس، دو برادر را در مدرسه تازه تأسیس اسلامى «دارالتعّلیم دیانتى» ثبت نامکردند و این دو دوران تحصیل ابتدایى را در آن مدرسه گذراندند.
درحوزه علمیه
ایشان از دوره دبیرستان، خواندن «جامع المقدمات» و صرف و نحو راآغاز کرده بود. سپس از مدرسه جدید وارد حوزه علمیه شد و نزد پدر و دیگر اساتید وقتادبیات و مقدمات را خواند.
درباره انگیزه ورود به حوزه علمیه و انتخاب راهروحانیت مى گویند: «عامل و موجب اصلى در انتخاب این راه نورانى روحانیت پدرم بودند و مادرم نیز علاقهمند و مشوّق بودند».
ایشان کتب ادبى ار قبیل «جامع المقدمات»، «سیوطى»، «مغنى» را نزد مدرّسان مدرسه «سلیمان خان» و «نوّاب» خواند و پدرش نیز بر درس فرزندانشنظارت مى کرد. کتاب «معالم» را نیز در همان دوره خواند. سپس «شرایع الاسلام» و «شرحلمعه» را در محضر پدرش و مقدارى را نزد مرحوم «آقا میرزا مدرس یزدى» و رسائل ومکاسب را در حضور مرحوم حاج شیخ هاشم قزوینى و بقیه دروس سطح فقه و اصول را نزدپدرش خواند و دوره مقدمات و سطح را بطور کم سابقه و شگفت انگیزى در پنچ سال و نیمبه اتمام رساند. پدرش مرحوم سید جواد در تمام این مراحل نقش مهّمى در پیشرفت اینفرزند برومند داشت. رهبر بزرگوار انقلاب، در زمینه منطق و فلسفه، کتاب منظومهسبزوار را ابتدا از «مرحوم آیت الله میرزا جواد آقا تهرانى» و بعدها نزد مرحوم «شیخرضا ایسى» خواندند.
درحوزه علمیه نجف اشرف
آیت الله خامنه اى که از هیجده سالگى در مشهد درسخارج فقه و اصول را نزد مرجع بزرگ مرحوم آیت الله العظمى میلانى شروع کرده بودند. در سال 1336 به قصد زیارت عتبات عالیات، عازم نجف اشرف شدند و با مشاهده و شرکت دردرسهاى خارج مجتهدان بزرگ حوزه نجف از جمله مرحوم سید محسن حکیم، سید محمودشاهرودى، میرزا باقر زنجانى، سید یحیى یزدى، و میرزا حسن بجنوردى، اوضاع درس وتدریس و تحقیق آن حوزه علمیه را پسندیدند و ایشان را از قصد خود آگاه ساختند. ولىپدر موافقت نکرد. پس از مدّتى ایشان به مشهد باز گشتند.
درحوزه علمیه قم
آیت الله خامنه اى از سال 1337 تا 1343 در حوزه علمیه قم بهتحصیلات عالى در فقه و اصول و فلسفه، مشغول شدند و از محضر بزرگان چون مرحوم آیتالله العظمى بروجردى، امام خمینى، شیخ مرتضى حائرى یزدى وعلـّامه طباطبائى استفادهکردند. در سال 1343، از مکاتباتى که رهبر انقلاب با پدرشان داشتند، متوجّه شدند کهیک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است، بسیار غمگین شدند و بین ماندن درقم و ادامه تحصیل در حوزه عظیم آن و رفتن به مشهد و مواظبت از پدر در تردید ماندند. آیت الله خامنه اى به این نتیجـه رسیدند که به خاطر خدا از قــم به مشهد هجرت کنندواز پدرشان مواظبت نمایند. ایشان در این مـورد مى گویند:
«به مشهد رفتم وخداى متعال توفیقات زیادى به ما داد. به هر حال به دنبال کار و وظیفه خود رفتم. اگربنده در زندگى توفیقى داشتم، اعتقادم این است که ناشى از همان بّرى «نیکى» است کهبه پدر، بلکه به پدر و مادر انجام داده ام». آیت الله خامنه اى بر سر این دوراهى، راه درست را انتخاب کردند. بعضى از اساتید و آشنایان افسوس مى خوردند که چراایشان به این زودى حوزه علمیه قم را ترک کردند، اگر مى ماندند در آینده چنین و چنانمى شدند!... امّا آینده نشان داد که انتخاب ایشان درست بوده و دست تقدیر الهى براىایشان سر نوشتى دیگر و بهتر و والاتر از محاسبات آنان، رقم زده بود. آیا کسى تصّورمى کرد که در آن روز جوان عالم پراستعداد 25 ساله، که براى رضاى خداوند و خدمت بهپدر و مادرش از قم به مشهد مى رفت، 25 سال بعد، به مقام والاى ولایت امر مسلمینخواهد رسید؟! ایشان در مشهد از ادامه درس دست برنداشتند و جز ایام تعطیل یا مبازرهو زندان و مسافرت، به طور رسمى تحصیلات فقهى و اصول خود را تا سال 1347 در محضراساتید بزرگ حوزه مشهد بویژه آیت الله میلانى ادامه دادند. همچنین ازسال 1343 که درمشهد ماندگار شدند در کنار تحصیل و مراقبت از پدر پیر و بیمار، به تدریس کتب فقه واصول و معارف دینى به طلـّاب جوان و دانشجویان نیز مى پرداختند.